Kulakovskiy I.V., Favorov A.F., Makeev V.J. (2009) Motif discovery and motif finding from genome-mapped DNase footprint data. Bioinformatics 25(18): 2318-2325.

<up> DMMPMM motif EVE comparison [dmmpmm_compare_html]

motif alignment

Bigfoot
Bergman
Down
Noyes
Noyes_hd
Pollard
SeSiMCMC

motif similarity

Bigfoot Pollard Down Bergman SeSiMCMC Noyes Noyes_hd
Bigfoot 1.0 0.1342 0.1903 0.0755 0.5538 0.1885 0.1503
Pollard 0.1342 1.0 0.1535 0.1144 0.1667 0.1806 0.1687
Down 0.1903 0.1535 1.0 0.2052 0.1648 0.3471 0.2231
Bergman 0.0755 0.1144 0.2052 1.0 0.0781 0.1751 0.2038
SeSiMCMC 0.5538 0.1667 0.1648 0.0781 1.0 0.1781 0.139
Noyes 0.1885 0.1806 0.3471 0.1751 0.1781 1.0 0.5477
Noyes_hd 0.1503 0.1687 0.2231 0.2038 0.139 0.5477 1.0