Kulakovskiy I.V., Favorov A.F., Makeev V.J. (2009) Motif discovery and motif finding from genome-mapped DNase footprint data. Bioinformatics 25(18): 2318-2325.

<up> DMMPMM motif CAD comparison [dmmpmm_compare_html]

motif alignment Bigfoot Bergman Down Noyes Noyes_hd Papatsenko Pollard SeSiMCMC motif similarity Bigfoot Pollard Down Bergman SeSiMCMC Papatsenko Noyes Noyes_hd Bigfoot 1.0 0.2777 0.0787 0.2229 0.1527 0.1651 0.1131 0.109 Pollard 0.2777 1.0 0.0424 0.1886 0.2024 0.1851 0.0706 0.0786 Down 0.0787 0.0424 1.0 0.1037 0.0699 0.1083 0.0675 0.0881 Bergman 0.2229 0.1886 0.1037 1.0 0.1855 0.4178 0.2836 0.2577 SeSiMCMC 0.1527 0.2024 0.0699 0.1855 1.0 0.1935 0.0763 0.0664 Papatsenko 0.1651 0.1851 0.1083 0.4178 0.1935 1.0 0.1791 0.2135 Noyes 0.1131 0.0706 0.0675 0.2836 0.0763 0.1791 1.0 0.6788 Noyes_hd 0.109 0.0786 0.0881 0.2577 0.0664 0.2135 0.6788 1.0